Benitez a avut sarcina dificilă de a-i urma la conducere lui Jose Mourinho chiar după ce acesta a reuşit tripla cupă-campionat-Liga Campionilor. Echipa s-a chinuit însă sub conducerea tehnicianului în vârstă de 50 de ani, aflându-se pe locul şapte în clasament, la 13 puncte de liderul AC Milan, dar cu două meciuri mai puţin disputate.
Campania de apărare a titlului european a avut de asemenea de suferit, după ce Inter a terminat pe locul doi în grupa A, în urma lui Tottenham, şi o va întâlni pe Bayern Munchen, din postura de outsideră, într-o reeditare a finalei din 2010.
Benitez a făcut un pas în plus spre demiterea lui după ce a câştigat finala Campionatului Mondial al cluburilor, când i-a cerut preşedintelui Massimo Moratti să îl susţină pe piaţa transferurilor dacă îl mai doreşte ca antrenor. Moratti a refuzat să îi fie alături spaniolului şi după câteva zile de negocieri în spatele uşilor închise, plecarea lui Benitez a fost confirmată.