A fost însă o etapă plină de controverse. Liderul clasamentului general, francezul Sylvain Chavanel, i-a acuzat pe rutierii de la Liquigas că au trişat, după ce aceştia s-au desprins de pluton pe coborârea de pe singura căţărare a zilei, o mişcare care i-a păcălit pe restul cicliştilor şi a cărei principal beneficiar a fost Vincenzo Nibali.
„Nu vreau să creez o polemică, dar după ce au trecut de căţărare, ei au profitat de trena unei motociclete a televiziunii. Eu eram exact în urma lor, încercând să menţin o distanţă de siguranţă, dar la un moment dat nu am mai putut să stau în roata lor, deoarece au rulat în spatele unei motociclete”, a declarat purtătorul tricoului roşu. Chavanel nu a depus însă nicio plângere oficială în acest sens.
Deşi Liquigas a avut o etapă excelentă, cu victorie şi patru rutieri în primii cinci, tensiunea era destul de mare în cadrul echipei italiene. Vincenzo Nibali, câştigător în Vuelta în 2010, nu s-a înţeles pe ultimii metri cu coechipierul său Valerio Agnoli şi a ratat poziţia a treia, ceea ce i-ar fi adus 8 secunde de bonificaţie.
„Nibali a vrut să vină în fruntea cursei. Am accelerat pe coborâre, iar astfel s-a ajuns ca patru rutieri de la Liquigas să ruleze roată lângă roată în faţă. Ne-ar fi plăcut să fim numai noi, dar a venit şi Lastras. Am dat totul pentru a lua avans şi pentru a obţine bonificaţiile. Am fi vrut ca Nibali să câştige, dar cum Lastras era cu noi, dorindu-şi victoria, eu a trebuit să sprintez”, a încercat Sagan să explice incidentul.
În clasamentul general, Nibali se află pe poziţia a treia, la 16 secunde în spatele lui Chavanel, în timp ce locul 2 este ocupat de spaniolul Daniel Moreno, care are 15 secunde întârziere faţă de liderul cursei.
Etapa a 7-a, care va avea loc vineri, între Almaden şi Talavera de la Reina (182,9 kilometri), este una de plat, fiind de aşteptat un sprint masiv la final pentru stabilirea învingătorului.