Emilian Cutean este însă o persoană care a are probleme în justiţie. El a fost trimis în judecată la sfârşitul lunii aprilie 2006 de către Direcţia Naţională Anticorupţie (DNA), sub acuzaţia că a efectuat operaţiuni financiare incompatibile cu funcţia sa, folosind informaţii la care avea acces din această postură, precum şi pentru săvârşirea infracţiunii de abuz în serviciu contra intereselor publice.
În 20 decembrie 2004, imediat după ce a fost eliberat din funcţia de secretar de stat la Secretariatul de Stat pentru Problemele Revoluţionarilor, Cutean a dispus plata a 2,995 miliarde de lei vechi (85.500 de euro) în contul Asociaţiei "Club 22", chipurile pentru un program de acţiune al SSPR care se referea la problemele sociale ale revoluţionarilor (autoturisme pentru răniţi, materiale sanitare, subvenţii pentru investiţii, tabere pentru copiii revoluţionarilor etc.) şi la aniversarea a 15 ani de la Revoluţia Română din decembrie 1989.
Cutean a dispus însă cum a dorit de această sumă. Cum era singurul care avea drept de semnătură în numele asociaţiei, a achitat 945.778.886 lei vechi (27.000 de euro) cu titlu de chirie restantă, pentru imobilul deţinut de asociaţie în care locuia şi el, iar diferenţa a folosit-o pentru constituirea unui depozit bancar. Alte nouă miliarde de lei vechi au fost acordate mai multor asociaţii de revoluţionari.
Aceste subvenţii erau destinate cinstirii memoriei Revoluţiei şi nu aveau în vedere acoperirea cheltuielilor de personal, de întreţinere şi reparare a mijloacelor fixe, cheltuieli administrative ori alte cheltuieli proprii ale beneficiarului subvenţiei.
Cutean a mai condus Secretariatul de Stat pentru Problemele Revoluţionarilor din Decembrie 1989 în mandatul premierului PSD Adrian Năstase. În perioada 2003 - 2004, noul şef al Secretariatului a fost secretar General la Blocul Naţional al Revoluţionarilor. El deţine medalia "Revoluţia Română din Decembrie 1989".
Emilian Cutean a lucrat, înainte de Revoluţie, ca strungar la Înteprinderea Mecanică Sibiu şi a fost şi cascador la Româniafilm. Între 1998 şi 1999 a fost director la SC Rombeton SA, iar ulterior - director la SC ALCO International SRL.
Antena3.ro