Dali l-a informat pe preşedintele Comisiei Europene, Jose Manuel Barroso, că a luat decizia demisiei, după o investigaţie a Oficiului European de Luptă Antifraudă (OLAF), asupra unei plângeri depuse în mai 2012 de producătorul de tutun Swedish Match.
Conform Oficiului Antifraudă al UE, un om de afaceri maltez a încercat să folosească legăturile pe care le avea cu Dalli, care este de asemenea maltez, pentru a obţine avantaje financiare din partea companiei.
Comisarul european pentru Sănătate, John Dalli, mai este acuzat că a încercat să schimbe viitoarea legislaţie a UE în domeniul produselor din tutun, pentru interesele unei companii, a anunţat Comisia Europeană.
John Dalli a respins categoric toate aceste acuzaţii.
Şeful Comisiei Europene, Jose Manuel Barroso, a decis ca vicepreşedintele Comisiei, Maros Sefcovic, să preia temporar portofoliul lui Dalli, până când va numi în funcţie un alt comisar de naţionalitate malteză, conform Tratatului de funcţionare a Uniunii Europene.
John Dallli, în vârstă de 64 de ani, a devenit comisar european pentru Sănătate şi Protecţia Consumatorului în 2010.