Daniel Morar a fost numit procuror şef la DNA în 2005 la scurt timp după câştigarea alegerilor de către Traian Băsescu. A rămas în această funcţie timp de două mandate. În plus, delegarea acestuia la DNA a fost prelungită de două ori de către fostul procuror general al României, Laura Codruţa Kovesi. Motivele invocate de Băsescu pentru menţinerea lui Daniel Morar la DNA au fost rezultatele deosebite trecute de comisarii eruopeni în rapoartele întocmite în cadrul mecanismului de verificare a reformei în justiţie. Un rezultat "deosebit" a fost şi dosarul Flota, pe care Morar l-a închis.
Flota este cel mai răsunător proces al lui Train Băsescu. Fostul preşedinte a fost acuzat, alături de alte câteva zeci de persoane, de prejudicierea statului român cu peste 300 de milioane de dolari, după vânzarea a 16 nave, în perioada 1991 - 2000. Traian Băsescu a fost trimis în judecată în acest dosar, dar cauza a fost blocată după ce acesta a devenit preşedinte. La scurt timp după ce Băsescu a ajuns la Palatul Cotroceni, dosarul a fost retrimis de Înalta Curte la DNA, din cauza unor vicii de procedură. Cauza a fost pusă la păstrare după ce, procurorul şef la DNA de la acea vreme, Daniel Morar a invocat faptul că Traian Băsescu are imunitate.
Morar o aduce pe procuroarea Carmen Gruescu de la Strehaia, îi repartizează dosarul, aceasta dispune efectuarea unei noi expertize - a treia -, expertiză care constată, în mod surprinzător şi în contradicţie cu cele 2 expertize precedente, că NU EXISTĂ PREJUDICIU ba chiar scoate şi beneficii pentru statul român.
Astfel, pentru liniştea preşedintelui de la acea vreme, Daniel Morar anunţă că dosarul este închis. La bilanţul DNA pe anul 2007, Morar spunea senin că toţi inculpaţii au fost scoşi de sub urmarire penală pe motiv că prejudiciul invocat nu există. Cât despre Basescu...
În mandatul lui Daniel Morar s-a inventat super imunitatea lui Băsescu şi s-au instrumentat dosarele lui Adrian Năstase. În 2009, România a fost condamnată la CEDO pentru un dosar instrumentat de Morar, iar pe când era procuror la Parchetul de pe lângă Curtea de Apel Cluj a instrumentat prost dosarul Liviu Ciupe. După ce a fost achitat, Liviu Ciupe a dat în judecată statul român şi a obţinut o despăgubire de 1,3 miliarde de lei pentru lunile petrecute în arest.