La scurt timp după Revoluție, Nicu Ceauşescu a fost condamnat la închisoar, fiind învinuit pentru moartea a 102 persoane. Procesul care s-a desfășurat la Sibiu, în mai 1990, a fost instrumentat de judecătorul Doru Viorel Ursu care ulterior a devenit ministru de Interne în Guvernul lui Petre Roman, mai exact în perioada 16 iunie 1990 – 16 octombrie 1991.
Nicu a fost condamnat inițial la 20 de ani de închisoare, dar ulterior cazul a fost rejudecat și sentința a scăzut până la 16 ani. Se întâmpla în 1991, un an mai târziu, Nicu Ceaușescu fiind eliberat din motive medicale.
A fost diagnosticat cu hemoragie digestivă superioară, varice esofagiene şi ciroză hepatică cronică. Nu a mai trăit mult după ce a ieșit din spatele gratiilor. Inevitabilul s-a produs la Viena, în septembrie 1996, în timp ce aștepta o intervenție chirurgicală.
Nicu Ceaușescu își presimțise sfârșitul și îi spunea asta deseori bunului său prieten Serghei Mizil.
"Atunci m-a impresionat pe mine cel mai mult, că mi-a lăsat o poezie și nu știu cine mi-a luat-o, că am căutat-o mult. El îmi spunea mereu că o să moară. Și asta nu o să uit toată viața mea - mi-a spus că atunci când va muri va fi ca un măr și când o să mușc din el să râd cum am râs tot timpul și să nu plâng... o chestia de genul ăsta. Era o poezie scrisă de el, personal.
Era foarte sensibil. Asculta romanțe, recita. Prima oară când am văzut că recită, eu nu mai văzusem să recite... Uite că mi-au dat lacrimile. Nu ai cum... că am fost împreună o copilărie și a fost o copilărie frumoasă, superbă. Câți pot să aibă copilăria pe care am avut-o noi? Într-un fel, a furat-o nevinovat", a spus Serghei Mizil.
Nicu Ceaușescu a fost la un pas de moarte și în decembrie 1989. Profesorul Alexandru Oproiu, fostul său doctor, a povestit un episod în care Nicu a fost adus de revoluționari în studioul TVR, moment în care fiul Ceaușeștilor era grav rănit.
De asemenea, Nicu Ceauşescu a trecut pe lângă moarte și în timp ce se afla în închisoare, la Jilava. Fiul soţilor Ceaușescu a fost dus la Spitalul Fundeni cu un întreg convoi de mașini în care se aflau, printre alții, mai multi medici legiști.
