Ulterior, Ion Iliescu a exercitat funcţia de şef al statului, la început ca preşedinte al Frontului Salvării Naţionale, structură care a înlocuit-o pe cea a Partidului Comunist, apoi, după protestele masive ale abia apărutelor partide din opoziţie, din ianuarie 1990, ca lider al Consiliului Provizoriu de Uniune Naţională în care fuseseră incluse şi acestea.
La controversatele alegeri din 20 mai 1990, Ion Iliescu a fost ales ca preşedinte al României. Acest mandat nu a fost socotit constituţional pentru că legea fundamentală nu fusese votată încă.
Iliescu a mai avut două mandate, între 1992 şi 1996, apoi între 2000 şi 2004.
Ion Iliescu a fost trimis în judecată în dosarul Revoluţiei, iar Guvernul a cerut în justiţie anularea certificatului de revoluţionar.