În iunie 1999, Gigi Becali a efectuat un schimb de terenuri cu Ministerul Apărării Naționale, în termeni dezavantajoși pentru Armată, în urma căruia a prejudiciat statul cu aproximativ 900.000 de dolari.
Pe data de 20 mai 2013, finanțatorul FCSB a fost condamnat definitiv, de instanţa supremă, la trei ani de închisoare cu executare. Afaceristul s-a plâns la Curtea Europeană a Drepturilor Omului (CEDO) că acea condamnare a fost dată ilegal.
Becali a dezvăluit că a avut câștig la termenul de marți, judecat la Strasbourg: "E o veste pe care o aștept de 10 ani", a declarat acesta, potrivit GSP.ro.
Judecătorii europeni de la CEDO au decis că au existat nereguli în anchetarea finanțatorului echipei FCSB. Aceștia au stabilit că urmărirea penală, în cazul lui Gigi Becali a durat prea mult, iar dosarul ar fi trebuit să ajungă mai repede pe masa judecătorilor români.
Gigi Becali poate să invoce decizia CEDO în orice proces pe care îl va începe împotriva statului român, și să ceară despăgubiri. Un judecător român va decide, însă, dacă afaceristul ar trebui să primească despăgubiri.
"Ce se va întâmpla...că banii... pentru 800.000 de euro mi-au luat trei milioane... Dacă au luat de trei ori, trebuie sa dea de trei ori, adică trebuie să dea nouă și plus daunele care le voi cere eu pentru celelalte vătămari ce mi s-au întâmplat. Nu banii e problema. Problema e mulțumirea sufletească.", a declarat acesta, la Digi24.