În dosarul Flota, Traian Băsescu este acuzat, alături de alte câteva zeci de persoane, de prejudicierea statului român cu peste 11.000 de miliarde de lei, după vânzarea a 16 nave, în perioada 1991 - 2000.
„Casa din Mihăileanu" este un alt dosar celebru. Cauza priveşte modul în care Traian Basescu şi-a repartizat o casă, în perioada în care era primar. Fostul Preşedinte nu ar fi avut dreptul să beneficieze de o repartiţie de la stat, în condiţiile în care mai primise o casă în Constanţa şi era chiriaş într-un imobil administrat de RAAPPS.
Traian Băsescu a fost cercetat şi într-un dosar pentru spălare de bani. Cauza priveşte tranzacţiile imobiliare cu omul de afaceri Costel Căşuneanu.
Retrocedarea a 66 de imobile într-o singură zi, în 2002, i-au atras alte plângeri lui Traian Băsescu. În cazul angajaţilor primăriei s-a dispus începerea urmăririi penale, însă Băsescu a fost scos de sub urmărire penală pe motiv că are imunitate.
Retrocedarea Parcului Bordei este un alt dosar controversat. În septembrie 2003, Traian Băsescu, primar al Capitalei atunci, a semnat dispoziţiile de retrocedare fără a le mai supune votului Consiliului General şi a dat Parcul Bordei în schimbul Satului Francez. S-a ajuns la proces, iar omul de afaceri Costică Constanda a câştigat despăgubiri de 165 de milioane de euro în procesul cu Primăria.
Şi redeschiderea dosarului ALRO ar putea fi un nou motiv de îngrijorare pentru fostul şef al statului. Dosarul ALRO a fost deschis în 2007 sub acuzaţia de subminare a economiei naţionale.
Ultimul dosar este cel în care e implicată Gabriela Firea pe care fostul preşedinte a numit-o şantajista de profesie şi a ameninţat-o. Firea a depus la Parchet o plângere pentru ameninţare şi şantaj, dar acţiunea penală a fost suspendată, invocându-se imunitatea.
