Însă treburile au început să se schimbe în anul 1946, când a fost ales directorul general al serviciului de sănătate publică. Trei ani mai târziu a ajuns ministrul Sănătăţii şi Muncii.
În 1957 situaţia s-a schimbat radical. Duvalier a revenit pe scena politică, şi cu ajutorul armatei s-a impus ca şi conducător suprem al statului haitian. A reinstaurat practicile voodoo, pe care le-a folosit pentru a manipula populaţia. Cu toate că au fost nenumărate tentative de a fi dat jos de la conducerea ţării, acesta nu s-a lăsat doborât.
A redactat o nouă Constituţie, iar în anul 1961 a câştigat alegerile, primind 1.320.000 de voturi şi niciun vot împotriva sa. De atunci începe dictatura sa.
Poate cel mai nebun moment al carierei sale în 1963, când s-a declarat singurul responsabil pentru asasinarea lui John F. Kennedy printr-un blestem Voodoo.
În 1964 s-a autoproclamat preşedinte pe viaţă, iar regimul său s-a transformat într-unul al terorii.
Papa Doc a murit în 1971 din cauze naturale, fiind urmat la conducere de fiul sau, Jean-Claude Duvaliere alias "Baby Doc".
