Potrivit senatorului, Berbeceanu a intrat în conflict cu SRI după ce l-a anchetat pe şeful Direcţiei Judeţene Alba a Serviciului Român de Informaţii, colonelul Ioan Târnu.
Colonelul Târnu a fost reţinut şi trimis în judecată pentru infracţiunile de sprijinire a unui grup infracţional şi favorizarea infractorului, devenind primul şef judeţean al SRI care a fost reţinut pentru fapte penale.
De asemenea, fostul şef al BCCO Alba a deranjat şi Direcţia Generală de Informaţii şi Protecţie Internă (DGIPI) întrucât a anchetat interlopi protejaţi de anumiţi şefi locali din serviciul secret al Ministerului Afacerilor Interne.
Traian Berbeceanu nu a scăpat nici de ostilitatea unor şefi din Poliţia Română şi din Ministerul Afacerilor Interne. printre aceştia se numără chestorul Nicolae Căbulea, care a fost vreme îndelungată şeful Inspectoratului de Poliţie al Judeţului Alba, iar, după preluarea guvernării de către USL, în mai 2012, a fost promovat, pe filieră PNL, prim-adjunct al ministrului de interne, cu rang de secretar de stat.
În fine, în ultimii ani Berbeceanu a intrat în conflict şi cu procurorul şef al DIICOT Alba Iulia, Ioan Mureşan, şi cu procurorul Sergiu Cean, colegul acestuia de birou, pe care i-a acuzat de atitudine obstrucţionistă sau părtinitoare în anumite dosare, iar aceştia i-au reproşat că le-ar fi interceptat convorbirile telefonice.
