Un ministru PNL a trebuit să părăsească Executivul în urma presiunilor de la Cotroceni, iar un alt liberal a renunţat la postul de comisar european din cauza unui val de denigrări pornit din ordinul preşedinţiei.
În acelaşi an, Băsescu a lansat-o pe mezina familiei în politică şi i-a deschis Elenei Udrea uşa Partidului Democrat.
Regretele lui Traian Băsescu l-au bântuit până la finalul primului mandat de preşedinte. Dar în 2006 a făcut tot ce i-a stat în putinţă să dinamiteze relaţia cu premierul şi cu partidul condus de acesta. Totul a plecat de la obsesia preşedintelui pentru ceea ce numeşte grupuri de interese nelegitime care ar fi pus presiune pe Guvern să emită acte normative cu dedicaţie. În cazul lui Călin Popescu Tăriceanu, vorbim de Rompetrol şi Dinu Patriciu.
Dacă în unele cazuri, banii grupurilor de interese îi miros lui Băsescu a petrol, alteori au iz de cerneală de ziar.
Primul atac virulent la adresa presei critice. Treptat, bătălia cu mogulii s-a transformat într-o adevărată vânătoare a patronilor de trusturi care au îndrăznit să se opună lui Băsescu. Patriciu, Vântu, Voiculescu, nici unul nu a scăpat de ordinele directe sau indirecte date de preşedinte procurorilor pe care-i controlează. Aceiaşi procurori care cu un an înainte au închis în sertar dosarele Flota şi Mihăileanu, dar în paralel au monitorizat pas cu pas cazurile adversarilor preşedintelui.
Pârghiile de control asupra justiţiei s-au întins până la ministrul de resort. Monica Macovei nu a ezitat să facă în Guvern jocurile Palatului Cotroceni. O dovedeşte o înregistrare a Antenei 3 din 2006 a unei discuţii între Macovei şi consilierul prezidenţial Ştefan Deaconu. Subiectul de conversaţie: pachetul legilor de siguranţă naţională şi legea ANI.
În frunte cu Macovei, miniştrii PD i-au fost fideli lui Traian Băsescu până la ieşirea de la guvernare. Liberalii s-au dezis rând pe rând de fostul lor aliat. Una dintre cele mai aprinse dispute între Palate a fost provocată de propunerea ministrului Apărării, Teodor Atanasiu, de retragere a trupelor româneşti din Irak. În replică, preşedintele i-a acuzat pe liberali de trădare şi s-a opus în CSAT ideii lui Atanasiu.
Pentru PNL, înţelegerea cu Băsescu avea să se dovedească a fi o nouă capcană. La câteva zile după ce Tăriceanu l-a propus pe Varujan Vosganian pentru postul de comisar european, presa dezvăluie că acesta a fost informator al Securităţii, ceea ce duce la retragerea nominalizării.
Încăpăţânarea liberalilor de a se supune poruncilor prezidenţiale şi refuzul de a fuziona cu PD au dus la fisuri în formaţiunea Brătienilor. Pentru că a ales să-l slujească pe Băsescu, Theodor Stolojan a fost exclus din PNL. A creat apoi PLD, o miniformaţiune care urma să fie absorbită de PD şi să rezulte un partid prezidenţial.
Unul dintre cele mai bizare momente din cariera lui Băsescu la Cotroceni a fost fuga lui Omar Hayssam din ţară, o enigmă şi astăzi. Câteva demisii şi schimbarea şefilor de servicii secrete au fost singurele consecinţe ale scandalului de atunci.
Un alt moment pentru care Băsescu a fost îndelung criticat a fost condamnarea comunismului în faţa Parlamentului.
Tot în 2006, Traian Băsescu a lansat-o în politică pe fiica sa cea mică, Elena, astăzi unul dintre cei mai vehemenţi critici ai României în Parlamentul European.
N-o uită nici pe fosta sa şefă de Cancelarie, Elena Udrea care se înscrie şi ea în PD-ul condus de Emil Boc.
În 2006, Băsescu a avut de înfruntat şi o problemă medicală. S-a operat de hernie de disc într-un spital din Austria. Alegerea sa a născut controverse în opinia publică pe de-o parte pentru că preşedintele statului nu are încredere în sistemul medical autohton, iar pe de altă parte pentru că un tratament în străinătate nu e la îndemâna românilor de rând.
Deşi anul s-a încheiat într-o notă optimistă datorită intrării României în Uniunea Europeană, clasa politică fierbea.
Menţinerea unei permanente stări de instabilitate şi depăşirea repetată a atribuţiilor constituţionale de către preşedinte anunţau o viitoare suspendare.
