Pontificatul noului Papă se anunţă a fi unul dificil. Preia Biserica Catolică într-o perioadă în care Vaticanul este bulversat de numeroase scandaluri sexuale în care sunt acuzaţi de implicare mai mulţi preoţi. Despre noul papă se ştie deja că este împotriva avortului, homosexualităţii şi a căsătoriilor între persoane de acelaşi sex.
Odată devenit Papa Francisc I, pe fostul cardinal Bergoglio îl aşteaptă scandaluri şi dosare extrem de sensibile. Inclusiv unul ultrasecret: aşa-numitul raport "Relationem", despre scandalurile sexuale care implică membri ai clerului catolic şi despre care unele voci spun că ar fi dus la demisia lui Benedict al XVI-lea. Una dintre priorităţile noului papă este grija faţă de săraci. Agenţiile catolice pentru ajutorarea sărmanilor îi cer deja sprijinul.
Simplitatea, modestia şi compasiunea fac parte din amprenta personală a argentinianului. Nu trăieşte într-un palat episcopal, ci într-un apartament modest. Nu are limuzină cu şofer, cum i-ar permite rangul, ci foloseşte transportul în comun. Ca doctrină, se aşteaptă din partea lui să fie mai curând un conservator.
Ca Arhiepiscop al oraşului Buenos Aires, a urmat exact linia tradiţionalistă în câteva dintre cele mai arzătoare probleme. E ferm împotriva avortului şi a euthanasiei şi se opune legiferării căsătoriilor între persoanele despre acelaşi sex.
Ca Papă, va avea de luat măsuri pentru ca preoţii vinovaţi de abuzuri sexuale asupra copiilor să fie traşi la răspundere. Nerezolvată, această problemă afectează grav Biserica Catolică.
La fel şi acuzaţiile de corupţie, scoase în evidenţă de scandalul Vatileaks şi taberele şi cercurile de influenţă care fac din Vatican una dintre cele mai netransparente cetăţi ale credinţei.