La finele lui 2009 însă, în biserica Santa Maria Delle Grazie (acolo unde poate fi admirată pictura) a fost instalat un sistem sofisticat de încalzire, venţilatie şi aer condiţionat pentru a proteja lucrarea de aerul poluat din Milano.
Pentru a testa eficienţa măsurilor luate contra poluării, oficialii italieni au chemat mai mulţi specialişti internaţionali, printre care Constantinos Sioutas şi Fred Champion, profesori la şcoala de inginerie USC Viterbi.